有机肥料海洋生物是海水环境和沉积环境污染的直接受害对象，并且海洋环境中的污染物对海洋生物质量的影响具有累积作用，其体内的污染物含量反映了其生存环境的质量，可食用底栖生物质量的好坏对人体健康更是有着直接的影响。目前，我国海洋生物质量状况并不乐观，主要表现为：海洋生物结构失衡，濒危物种减少；主要经济生物体内有害物质残留量偏高；沿岸经济贝类卫生状况欠佳。
有机肥料废气污染 是指人类在生产和生活过程中排出的有毒有害的气体。特别是化工厂、钢铁厂、制药厂，以及炼焦厂和炼油厂等及人类生活所带来的生活废气的产生，排放的废气气味大，严重污染环境和影响人体健康。
有机肥料化肥污染 过量施用化肥而引起水体、土壤和大气的污染。未被植物及时利用的氮化合物，若以不能被土壤胶体吸附的NO3—N的形式存在，就会随下渗的土壤水转移至根系密集层以下而造成污染。可导致河川、湖泊和内海的富营养化;土壤受到污染，物理性质恶化;食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理。