有干货特种集装箱、散货集装箱、液体货集装箱、冷藏箱集装箱，以及一些特种集装箱，如汽车集装箱、牧畜集装箱、兽皮集装箱等。
特种集装箱按装卸方式分为： 1，垂直装卸的集装箱 指用起重机进行装卸作业的集装箱。 2，水平装卸的集装箱 指带轮、有支脚式滑轮的集装箱(通常是指拖车式集装箱)。 3，可卸箱体 在集装箱的箱底有四个可折叠的支脚，用集装箱拖挂车运到目的地后，使用集装箱拖挂车上的液压装置将集装箱抬起，放下支脚，即可卸下集装箱。这种装卸方式不需要专们的装卸机械，也有利于集装箱拖挂车的有效利用。
1．对货主而言，它的优越性体现在大大地减少了货物的损坏、偷窃和污染的发生；节省了包装费用；由于减少了转运时间，能够更好地对货物进行控制，从而降低了转运费用，也降低了内陆运输和装卸的费用，便于实现更迅速的“门到门”的运输。 2．对承运人来说，集装箱运输的优点在于减少了船舶在港的停泊时间，加速了船舶的周转，船舶加速的周转可以更有效地利用它的运输能力，减少对货物的索赔责任等。 3．对于货运代理来说，使用特种集装箱进行货物运输可以为他们提供更多的机会来发挥无船承运人的作用，提供集中运输服务，分流运输服务，拆装箱服务，门到门运输服务和提供联运服务的机会。