软镜一般采用浸泡消毒的方法，在消毒之前都要进行测漏，检查内镜的密封性。一旦发现有漏水现象，要及时处理，以免镜体进水，引起内部零件的腐蚀生锈，甚至CCD短路，造成更大的损失。
对于带有抬钳装置的十二指肠镜，由于抬钳钢丝管道容易被异物堵塞如果不注意清洗这部分，很容易造成抬钳钢丝卡死或损坏心在清洗过程中，可用注射器将洗涤液从专门的注孔(镜身上有标注)注人 抬钳钢丝管道，与此同时，反复开启和闭合抬钳，清洗后，再用注射针筒反复注人空气，将抬钳钢丝管道吹干，并在抬钳转轴和钢丝出口处细心地点注硅油，以防锈蚀。
电子内窥镜不是通过光学镜头或光导纤维传导图像，而是通过装在内窥镜先端被称为“微型摄像机”的光电耦合元件CCD将光能转变为电能，再经过图像处理器“重建”高清晰度的、色彩逼真的图像显示在监视器屏幕上。