在设计集装箱办公房屋时需要注意保暖防寒问题。可以利用无毒陶瓷、保温层、双层屋顶等解决一部分问题，同时还要重建通风采暖系统。不以集装箱本身材质为诉求的建筑，可以重建表皮。
集装箱办公房屋的设计，注意要寻找一家可靠的制作厂商。集装箱定制是一项不小的工程为了能在质量及相关条件上达到定制要求，就需要对找一家大规模可靠的定制厂商，厂家可靠才能在加工技术及材料选用上更有保障，还能保障在定制好后能减少使用过程中的各种故障问题，并能集装箱定制的质量提供保障避免各种不良现象的发生。
在集装箱办公房屋设计时需要注意运输问题：人口不密集的地方，采用货运形式，利用吊车、叉车进行运输安装。