对生产过程而言，农业清洁生产包括节约原材料，减少生产过程中可能产生的有毒、有害污染物，减少生产过程中的各种危险性因素，采用可靠和简单的生产操作和控制方法，对物料进行内部循环利用，完善生产管理，不断提高科学管理水平等。对产品而言，就是产品应具有合理的使用功能和使用寿命；产品本身及在使用过程中，对人体健康和生态环境不产生任何不好影响和危害；产品失去使用功能后，还要易于回收、再生等。
在确定好方案后，我们需要制定一个方案实施进度计划标准，对于资金筹备及落实、技术改进、设备考察订购及安装调试、车间清理准备、人员培训情况、试运行、验收等情况进行跟进。这阶段需要企业领导和审核小组在项目完成后进行跟踪分析, 总结取得的环境效益和经济效益, 以及实施农业清洁生产的经验, 并与实施前进行对比，
评估阶段编制审核重点的生产工艺流程图，详细标示出工艺系统的物料出入、产出产品、副产品、废水、废气、废渣、残液取向等等关系图。建立物料输入表、物料输出表、生产用水情况，废水、 废气、 固体废弃物排放情况汇总，建立物料平衡涂料和主要污染因子平衡图，分析污染物产生原因，为指导农业清洁生产方案提供科学的依据。