晋中次氯酸钠在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌（病毒）体内与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等发生氧化反应或破坏其磷酸脱氢酶，使糖代谢失调而致细胞死，从而杀掉病原微生物。
晋中次氯酸钠的用途是一种氧化性杀菌剂，其杀菌机理与氯相似。工业循环水中一般用次氯酸钠溶液。同时次氯酸钠使循环水的pH 有所提高。因此，在以氯为杀菌剂的循环水体系中，余氯难以达到指标，在pH 下降严重的情况下，用较大剂量的次氯酸钠冲击投加，即可保证余氯和pH的指标。
晋中次氯酸钠的浓度越高，杀菌作用越强。同时，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，使其细胞丧失活性而死。