软镜一般采用浸泡消毒的方法，在消毒之前都要进行测漏，检查内镜的密封性。一旦发现有漏水现象，要及时处理，以免镜体进水，引起内部零件的腐蚀生锈，甚至CCD短路，造成更大的损失。
电子内窥镜的主要结构由CCD耦合腔镜、腔内冷光照明系统、视频处理系统、和显示打印系统等部分组成。CCD耦合腔镜将CCD耦合器件置于腔镜先端，直接对腔内组织或部位进行直接摄像，经电缆传输信号到图像中心。
电子内镜的送气、送水及吸引活检孔道设计与纤维镜相同，电子内镜光源内亦装有电磁气泵与送气、送水管道相通，内镜与光源接头处有吸引嘴与负压吸引端相接。