如果发现化妆品生产许可证已经过期，应立即停止使用该证件并联系当地食品药品监管部门咨询。具体处理方法如下：1、在确保产品安全的前提下，将已过期的证书从工厂或仓库中隔离出来。2、尽快补办新的许可手续。根据相关法规规定，向原审批发证机关申请重新领证前必须进行自查和整改，包括但不限于厂房设施的改造、工艺流程改进、危害分析等。3、在等待新证的期间，可凭企业法人资格文件、注册地址变更材料（如工商营业执照复印件）、连续三年的年度检验合格证明等资料，向所在地省级卫生行政部门提交临时上市批件及包装照片备案。总之要积极配合相关部门的工作，按照要求提供相应的材料并进行整改，以便快速解决问题。