内镜消毒需严格遵守消毒规范，应按照要求配比浓度配置含酶和无酶清洗剂。消毒时应拆卸所有可拆卸部件，进行全部消毒，清洗前须通过漏水测试，将内镜整体浸入水中接测漏阀，使用将水注进各管道中，在水中不断打角度赶走管道内的剩余空气。将内镜取出水面后，使用干布将镜身擦干，再用高压吹走管道里的存水，拔开测漏器插头，等橡皮完全恢复状态再拧开测漏阀。
外观。在充足光线下整体检测镜体外观，擦干水珠检查附件是否齐全，重点检查插入管与导光管是否有压扁、老化现象，此外，是否有结晶、脱皮，检测橡皮是否过于皱折、两边涂胶是否有锋棱、毛刺、裂纹等能伤害人体等缺陷。在充足光线下，目视检查先端头和光束盖玻璃，物镜应平整、无裂痕和划痕，C盖应无磨损。目视吸引口、以及钳子口均应光滑且无磨损痕迹。检测附件O型圈无破裂和严重磨损。
亮度测试。将内窥镜导光头对准100W灯泡或亮光处，目测先端头判断光束亮度是否明亮，是否有明显断丝或老化现象，用手指遮挡导光头导光束入口，从先端头导光束出口处观察其亮度变化情况。