分子泵无法直接将气体压缩到常压，即无法直接对大气排气。基于分子泵的工作原理，在开启分子泵前必须配置一台辅助前级泵。
分子泵中经常掉出顶丝、镙钉等物体，如M5的顶丝等，请问是否对分子泵的使用有影响？应如何解决？原因：应是偶尔发生的事情，可能是平衡中遗漏的平衡钉，对分子泵没有影响。 解决方式：应是偶尔发生的事情，可能是平衡中遗漏的平衡钉，对分子泵没有影响。
抽速是分子泵的***参数，提高转速是加大抽速为直接的方法之一，随着动平衡技术的发展，分子泵转子可顺利地在超高转速下稳定运转。随着材料科学的发展，分子泵转子材料也发生了变化，可用硬铝合金、碳纤维、钛合金等高硬度材料制成，这使转子的转速得到进一步提高。