对生产过程而言，农业清洁生产包括节约原材料，减少生产过程中可能产生的有毒、有害污染物，减少生产过程中的各种危险性因素，采用可靠和简单的生产操作和控制方法，对物料进行内部循环利用，完善生产管理，不断提高科学管理水平等。对产品而言，就是产品应具有合理的使用功能和使用寿命；产品本身及在使用过程中，对人体健康和生态环境不产生任何不好影响和危害；产品失去使用功能后，还要易于回收、再生等。
评估阶段编制审核重点的生产工艺流程图，详细标示出工艺系统的物料出入、产出产品、副产品、废水、废气、废渣、残液取向等等关系图。建立物料输入表、物料输出表、生产用水情况，废水、 废气、 固体废弃物排放情况汇总，建立物料平衡涂料和主要污染因子平衡图，分析污染物产生原因，为指导农业清洁生产方案提供科学的依据。
在方案筛选过程中，对于投资少的无/低费方案继续实施。并与末端治理效果表进行列表比较，同时向职工宣传实施效果，调动广大员工参与清洁生产的积极性。至此，我们还要编报农业清洁生产方案的中期报告。