机加钻头外径尺寸设计值偏大或铰切削刃口有毛刺；切削速度过高；进给量不当或加工余量过大就会导致铰刀主偏角过大；铰刀弯曲；铰切削刃口上粘附着切屑瘤；刃磨时铰切削刃口摆差超差；切削液选择不合适；机加钻头安装铰刀时锥柄表面油污未擦干净或锥面有磕碰伤；锥柄的扁尾偏位装入机床主轴后锥柄圆锥干涉；主轴弯曲或主轴轴承过松或损坏；铰刀浮动不灵活；与工件不同轴以及手铰孔时两手用力不均匀，使铰刀左右晃动。
机加钻头刀柄本身而言，在被磨去一部分材料形成压力面时，刀柄部分即与刀具的回转中心不重合了。在刀具夹紧的过程中，削平柄被锁紧螺钉推向已经偏离中心的那一侧，刀具将进一步偏离刀具在机床上的回转中心，这些都增加了刀具的不平衡。
使用机加钻头进行钻孔和扩孔时，冷却润滑液在没有采用特殊装置的情况下，很难输入到切削区，这就使机加钻头耐用度降低，而且排屑也就很困难。