BF-1T40支气管镜消毒的方式有手工消毒和全自动清洗消毒机消毒。全自动清洗消毒机消毒较手工消毒更简便、有效和标准，消毒效果不易受人为因素影响。
BF-1T40支气管镜每次应用后，立即用湿纱布轻轻擦去插入管外表面污物，然后将纤维支气管镜的先端放入清洁液中，通过管道吸引 5 ～ 10 s，轮流吸引清洁液和空气数次，达到更好的初步清洁效果。拆下吸引控制阀、活检入口阀，用清洁毛刷完全刷洗活检孔道和吸引管道，刷洗时必须两端见刷头，并洗净刷头上的污物。要确保凹进部分用所附或类似的清洁刷刷洗干净。然后装好防水盖，在流动水下完全冲洗，用纱布反复擦洗镜身。
BF-1T40支气管镜当天全部检查完毕，除按术后常规清洁、消毒后，还要用75%的酒精冲洗管道，75%的酒精溶液有预防假单胞菌属速干功能。将内管道吹干，镜身用75%的酒精纱布擦拭干净，放入镜柜内贮存。