支气管镜使用完毕后应冲洗干净，防止送气、送水、钳子通道的堵塞。
支气管镜采用2%碱性戊i二醛浸泡消毒或者灭菌时，应当将清洗擦干后的内镜置于消毒槽并全部浸没消毒液中，各孔道灌满消毒液，按规定时间浸泡。非全浸式内镜的操作部，必须用清水擦拭后再用75%乙醇擦拭消毒。采用其他消毒剂、自动清洗消毒器械或者其他消毒器械时。软式内镜采用化学消毒剂进行消毒或者灭菌时，应当按照说明进行，并进行化学监测和生物学监测。
医生用活检钳、异物钳时应特别小心，进出钳子通道时应闭合钳子，否则张开的钳头很容易拉伤支气管镜内壁，从而造成进水故障。