使用后维护保养：拔出内窥镜后，立即用纱布蘸上洗涤液或多酶洗液擦拭插入部，拔下送气、送水按钮并放入洗涤液中，插入清洗按钮，来回送气送水，按下吸引按钮座，来回吸引洗涤液与空气。防止黏液干燥后难以清除，同时点检内窥镜的外观。
手工清洗时要确认清洗工具没有脏污，没有磨损的划痕、裂缝、扭曲、金属与刷毛脱落等情况，避免对内窥镜造成破损，清洁刷应保持平直，避免与按钮安装座产生摩擦。
胃镜使用时注意事项：操作中蛇管应呈弧形弯曲，不可形成直角，以免镜身打弯过甚而致像束折断，转角动作不要太快，用力不要过猛，如转角过猛易使钢丝拉长，镜头转角不能达到设计角度，易折断，使角度失灵。