小麦烘干机在冷却过程中，冷空气先接触下部的低温粮食，在向上运行的同时吸收玉米中的热量，冷空气温度逐渐升高，这样可避免冷风与上层热粮接触时稻谷的急剧冷却，逆流冷却既可以提高冷却段的冷却效果，还可以保护粮食的品质不受影响。
小麦烘干机在风机的抽力作用下，将冷空气直接经过进风口与加热器热交换后变成枯燥的热空气，在枯燥热空气作用下水分逐渐蒸腾并烘干。由于水分蒸腾需求吸收和耗费热能，因此烘干机排风温度逐渐升高。
小麦烘干机燃料一般采用煤，电，生物颗粒等，烘干成本低。设有冷却段，冷风机负责向冷风段内提供冷空气，采用逆流冷却方式对烘后粮进行降温。