农业清洁生产可以加强设备管理，提高设备完好率和运行率；开展物料、能量流程审核；科学安排生产进度，改进操作程序。
农业清洁生产采用新工艺、新技术、新路线。可对生产工艺中配料比作一核实，应把污染较大，而又超过理论配比的原料降低，以增加原料的利用率以及废水的可处理性。
严格执行质量、环保、能耗、安全等法律法规标准，加快淘汰落后产能。开展清洁生产审核和评价认证，推动能源、钢铁、焦化、建材、有色金属、石化化工、印染、造纸、电镀、农副食品加工、工业涂装、包装印刷等重点行业“一行一策”绿色转型升级，加快存量企业及园区实施节能、节水、节材、减污、降碳等系统性农业清洁生产改造。