软镜采用2%碱性戊i二醛浸泡消毒或者灭菌时，应当将清洗擦干后的内镜置于消毒槽并全部浸没消毒液中，各孔道灌满消毒液，按规定时间浸泡。非全浸式内镜的操作部，必须用清水擦拭后再用75%乙醇擦拭消毒。采用其他消毒剂、自动清洗消毒器械或者其他消毒器械时。软式内镜采用化学消毒剂进行消毒或者灭菌时，应当按照说明进行，并进行化学监测和生物学监测。
软镜使用后应当立即用湿纱布擦去外表面污物，并反复送气与送水至少10秒钟；再用吸引通道反复吸清水或清洗液，直到流人吸引瓶的水干净为止；后取下内镜，拆下各种附件，并装好防水盖，置合适的容器中送清洗消毒室。
软镜尽管能改变方向，但也有一定的角度限制应防止过度弯曲，以免折断光导纤维。