使用深孔刀具进行钻孔和扩孔时，冷却润滑液在没有采用特殊装置的情况下，很难输入到切削区，这就使深孔刀具耐用度降低，而且排屑也就很困难。
深孔刀具刀柄本身而言，在被磨去一部分材料形成压力面时，刀柄部分即与刀具的回转中心不重合了。在刀具夹紧的过程中，削平柄被锁紧螺钉推向已经偏离中心的那一侧，刀具将进一步偏离刀具在机床上的回转中心，这些都增加了刀具的不平衡。
深孔刀具与机床的匹配，都会想到的是外形与尺寸的匹配。的确，外形和尺寸的匹配是刀具在机床上能够正确安装的基础。没有这个基础，深孔刀具无法被正确地安装在机床上。