小型柴油发电机组卸下进、排气管及消声器,排除掉内部存水。打开减压，摇转柴油机，看进、排气口是否有水排出，若有水排出则继续摇转曲轴，至气缸内的水全部排净。装上进、排气管及消声器，在进气口加入少许机油,摇转曲轴数圈，然后装上空气滤清器。若由于发电机组进水时间长，飞轮转动困难， 说明气缸套、活塞环已经生锈，应拆下除锈，清洗干净后再装配，生锈严重的要及时更换。
小型柴油发电机组放出水箱及水道内的污水，清洗水道,加入清洁的河水或煮沸后的井水至水浮子升起。打开油门]开关，起动发电机组。建议发电机组起动后要注意观察机油指示器升起情况，倾听柴油发电机组的柴油机有无异常响声。经检查各部位正常否，磨合柴油机，磨合顺序时先怠速、后中速、再高速，运转时间各为5分钟。磨合后停机放出机油。重新加入新机油，起动柴油机，中速运转5分钟，即可进行正常使用。
小型柴油发电机组拆下发电机组的空气滤清器,拆掉滤清器上壳，取出滤芯等部件，除净滤清器内的水，用金属清洗剂或柴油清洗各零件。滤片为塑料泡沫的，要用洗衣粉或肥皂水(禁用)洗净，然后用清水冲净、晾干，再浸以适量机油(浸后用手尽力挤干)。换装新滤片时要同样进行油浸。滤芯为纸质的，要换用新的。滤清器各零件清洗、晾干后，再按规定安装好。