内窥镜软镜先端部镜面玻璃禁止使用粗糙的纸或物件擦拭，运用镜头纸轻轻地擦拭；内行高频率电凝术和高频电刀灼烧术时，防止电凝头、电刀片与纤支镜的尾端触碰，并保持一定的间距。
内窥镜软镜常见故障排除方法气堵或送气不畅原因： 1.顶端部一不小心与硬块撞击致喷嘴形变，喷嘴堵塞（不恰当的内镜维护保养是造成堵塞的主要原因）；2.应用内镜后没有马上清理，致脏物凝固在喷嘴里，产生喷嘴堵塞；3.消毒灭菌前没有用洗洁剂完全清洗内镜，致消毒剂使黏液、蛋白凝固而堵塞喷嘴；4.擦洗镜面玻璃时方向错误，纯棉纱塞入喷嘴里，产生喷嘴堵塞；5.喷嘴堵塞完用针挑今起喷嘴自主拆卸造成喷嘴损坏或导致连接管更加容易堵塞；6.其他：如打气泵胀气欠佳，内镜连接部与服务器连接欠佳，储水瓶连接欠佳等。
活检钳在内窥镜软镜安全通道内穿梭时，一定要等钳头穿过镜口后再伸开，防止损害钳头；活检针在插进的过程中，必须在见到穿刺器导管的尾端超出可弯折支气管镜前面的位置后，即可将针外伸导管外边实际操作。