黄花菜灰霉病是露地、保护地作物常见且比较难防治的一种真菌病害，属低温高湿型病害，病原菌生长温度为20～30℃，温度20～25℃、湿度持续90%以上时为病害高发期。灰霉病由灰葡萄孢菌侵染所致，属真菌病害，花、果、叶、茎均可发病。作物灰霉病可使用“苦蔘硫磺春浓”进行预防治疗
黄花菜靶斑病是由黄瓜靶斑病菌——半知菌的棒孢菌引起的病害，温暖、高湿有利于发病。黄瓜靶斑病又称“黄点子病”，起初为黄色水浸状斑点，直径约1毫米左右。发病中期病斑扩大为圆形或不规则形，易穿孔，叶正面病斑粗糙不平，病斑整体褐色，中央灰白色、半透明。后期病斑直径可达10~15毫米，病斑中央有一明显的眼状靶心，湿度大时病斑上可生有稀疏灰黑色霉状物，呈环状。可使用“靶班一号”进行预防治疗。
黄花菜蔓枯病又称黑腐病。主要为害叶片。病斑从下部叶片逐渐扩展至上部叶片。叶片表面有部分黄变，其背面出现灰白色轮廓不分明的病斑，密生灰白色霉层。不久之后，叶表面也生成霉层，然后，叶片卷曲干枯，导致坐果不良，果实生长不良，早期着色。 温室、大棚栽培时常发病。在拱棚栽培中，主要发生在覆盖过程中，但湿度大时，去掉塑料薄膜之后也仍继续蔓延。可使用“苦蔘硫磺根之盾”进行预防治疗。