排污许可证质量评估主要包括基本条件评价、登记事项评价、许可事项评价等内容。其中基本条件包括发证前提条件和批建相符性；登记事项包括申请材料完整性和登记事项规范性；许可事项包括排放口合规性、排放标准合理性、许可量合规性、管理要求规范性和依法依规性。
控制污染物排放许可制(以下称排污许可制)是依法规范企事业单位排污行为的基础性环境管理制度，环境保护部门通过对企事业单位发放排污许可证并依证监管实施排污许可制，环境保护部门通过对企事业单位发放排污许可证并依证监管实施排污许可制。
针对排污单位生产及排污现状与其相关建设项目的环评要求不符，且已完成建设项目竣工环保验收的情形，可参照国家和本市关于建设项目变更的相关管理规定进行分类管理。属于重大变更的，排污单位应按要求办理相关环评手续；属于非重大变更的，排污单位应提交《建设项目非重大变动的环境影响分析报告》。