显微红外光谱仪根据其结构可以分为单束型和双束型两种。 单束型显微红外光谱仪只有一个物光路，它的样品室与探测器之间是一一对应的几何关系；而双束型的显微红外光谱仪则有两个独立的物镜光路，每个独立的光学系统都用于对来自样品的两个相互垂直的入射波长进行成像。这两种类型的仪器各有优缺点：单束型的优点是具有更高的空间分辨率（优于1微米），但价格相对较贵且操作复杂度较高；相比之下，双束型的空间分辨较低（通常为3-5毫米）但其傅里叶变换红外光谱技术可以提供极高的信噪比和大范围可调谐的范围使得它广泛应用于各种领域的研究中、例如生物分子结构和化学反应机理等研究工作。