系统法兰焊接是配管制作中的难点。如果焊接工艺不对很容易发生法兰变形凸起的情况。管管自动焊时环境温度过低、焊接区与非焊接区及焊层间温差大会造成法兰壁应力分布不均引起焊接质量差。采取相应措施（如感应加热等）保证焊接区与非焊接区间温差不大，焊层间温差保持不超过200℃，可有效地解决法兰变形问题。)管路焊接后要进行焊缝质量检查
系统用配管用不锈钢无缝钢管时，管管自动焊常采用充氢气保护的弧焊工艺。焊接时要求除焊口外两侧管端均封死，对接管内允满气，并对焊口进行弧打底手弧填满。在不锈钢管进行焊接时一定要注意对接管内必须充满气，否则将无法保证焊接质量。未按焊接工艺要求施工，切开焊口区域，可发现焊口呈多孔海绵体状极不规则。
采用药芯焊丝加气体保护的焊接工艺，若是多遍成型，则每次焊缝表面清渣费工费时；若是强迫成型，则须配加一个与焊一起运动的成型铜滑块，并通入循环冷却水，可以大大提高管管自动焊效率，这样一来不仅焊接装置的结构复杂，而且重量增加。因为药芯焊丝的价格较高，同时还要解决保护气体的气源，所以焊接成本较高。单一使用自保护焊丝，虽然节省了保护气体，但存在清渣困难问题。