小型柴油发电机组将发电机组一端支起，使油底壳放油部位处于较低位置，旋下放油螺塞，拔出油标尺，使油底壳内的水自行流出，当流至刚要放出机油时应略让机油和水一起放出一部分后旋上放油螺塞。拆下油箱，将其中的油、水全部放净。检查柴油滤清器及油管是否有水，若有水应排净。清洗油箱及柴油滤清器,然后装回原处，接通油路,在油箱内加入清洁的柴油。
小型柴油发电机组而自动运行发电机组是有所不同的。它只须另一个全自动控制器就可以的了，当监测到市电断电后，发电机组会自动启动。当市电来电后，发电机组只是系统自动停机，但不会系统自动分闸，也是须人为去实际操作的。而自动运行发电机组是有所不同的。它只须另一个全自动控制器就可以的了，当监测到市电断电后，发电机组会自动启动。当市电来电后，发电机组只是系统自动停机，但不会系统自动分闸，也是须人为去实际操作的。
小型柴油发电机组卸下进、排气管及消声器,排除掉内部存水。打开减压，摇转柴油机，看进、排气口是否有水排出，若有水排出则继续摇转曲轴，至气缸内的水全部排净。装上进、排气管及消声器，在进气口加入少许机油,摇转曲轴数圈，然后装上空气滤清器。若由于发电机组进水时间长，飞轮转动困难， 说明气缸套、活塞环已经生锈，应拆下除锈，清洗干净后再装配，生锈严重的要及时更换。