数控双轴深孔机床使用之前检查冷却液的储存量，开启电机的主轴冷却，保证冷却液循环正常，检查刀具是否需要重新刃磨。
数控双轴深孔机床钻削过程中，严禁近距离观察，观察时需透过观察窗。如发现异常状态，关闭电机主轴并确定电机主轴不再旋转，可使用紧急制动按钮（红色按钮）。
数控双轴深孔机床深孔钻削时,散热和排屑困难，且因钻杆细长而刚性差，易产生弯曲和振动。一般都要借助压力冷却系统解决冷却和排屑问题。
