农业清洁生产包含了两个清洁过程控制：生产全过程和产品周期全过程。 对生产过程而言，清洁生产包括节约原资料和能源，淘汰有毒有害的原资料，并在全部排放物和废物分开生产过程以前，尽可能减少它们的排放量和毒性。对产品而言，清洁生产旨在减少产品整个生命周期过程中从原料的提取到产品的处置对人类和环境的影响。清洁生产考虑办法与前不同之处在于：过去思索对环境的影响时，把留意力集中在污染物产生之后如何处置，以减小对环境的危害，而清洁生产则是请求把污染物消弭在它产生之前。
农业清洁生产的内容有清洁的产品 是指在生产、使用和处置的全过程中不产生有害影响的产品。清洁产品又叫绿色产品。清洁产品应具备以下几方面的条件：产品在使用过程中以及使用后，不含有危害人体健康和破坏生态环境的因素；产品使用后易于回收、重复使用和再生；产品的包装合理；产品具有合理的功能，如节能、节水和降低噪声的功能；产品的使用寿命合理。
农业清洁生产包含清洁的产品，产品设计应考虑节约原材料和能源，少用稀缺的材料；产品在使用过程中以及使用后不含危害人体健康和破坏生态环境的因素；产品的包装合理，使用后易于回收、重复使用和再生。