水族馆改造施工流程如下：1.设计方案：根据原有设施布局和实际情况，设计合理的装修图纸并制定相应的工程计划。2.拆除旧有设备及装饰物，对不需要保留的原有人工景观、过滤系统进行移除。3.更新供水管道:对整个系统的给水管路进行重新铺设,确保水质安全卫生。4.安装新设备和器材:根据设计方案选择合适的新的照明灯具、水泵和其他的辅助材料并进行合理配置。5.调整生态系统:在所有新增的装置都已正确安置好后开始着手于生态环境的调节工作如更换鱼种或增加数量等以恢复和发展生物群落的各种功能及其相互关系使整体水体保持良好的状态．6.清洁和维护工程完成后应对所有的环境进行清扫并对一些设备的表面加以维护保养使其保持最佳的工作状况。