水田旋耕机为确保发起机正常工作，延长其运用寿命，发起机发起后必需空负荷运转，热车5至10分钟前方可工作，开端工作前1至2小时内不要高转速及重负荷工作。若发起机发起时呈现飞车现象，应疾速切断供油或梗塞进气道使发起机立刻熄火。 阻力杆高度要依据工作状况随时调整，坚持机身程度位置，以防因发起机倾斜过度，致使发起机光滑不佳而损坏。
水田旋耕机谨防燃油进入脏水、脏物。假如燃油掺入了水和脏物，会招致柴油机运转不正常或无法作业。假如燃油中有水和脏物，应将燃油存贮在洁净的容器中停止沉淀2h以上，然后用胶管或泵抽出上面的燃油，容器底部的油不可运用。要坚持空气滤芯器清洁。假如呈现发起机功率缺乏，烟色恶化，则要改换空气滤芯或清芯。滤芯一次清洗为运用100小时后，第二次是运用到500小时，运用到1000小时后改换滤芯，用户在运用的时分要对微耕机的工作时间有所记载。
水田旋耕机微耕机操作人员严禁疲倦工作，以免发作事故。每次工作前必需检查发起机以及传动箱光滑油能否充足。运用前必需检查各部件及传动箱、发起机螺栓能否有松动、零落现象。