水处理集装箱也可用于运输特殊货物，如化学品和葡萄酒制品。在过去，人们通常用罐装载这些特殊货物，但随着集装箱加工技能的提高，集装箱形成一般罐和结构两部分结构，集装箱外壁采用保湿数据，内壁抛光，使水处理集装箱也能完成罐的输入输出功能。
水处理集装箱的应用改写了人们对集装箱应用的固有印象。目前，许多流行的水处理集装箱已应用于生产和运输，如运输冷冻食品、运输特种货物、装卸严重货物等。
水处理集装箱是一种特殊的集装箱类型，通常是专门为了满足特定的功能而制造的。例如，用于运输冷冻食品的水处理集装箱的内部结构相当于低温冰箱。许多人也称之为冷藏集装箱。它配备了隔热装置，并有专门的通风口运输空调，以确保鱼、虾、肉和新鲜水果在长途运输中仍然新鲜。