综合档案管理系统的方法是编号分类法，步骤共有七步，分别是收集、筛选、分类、确定、修缮、编号以及装盒并编制目录。
“综合档案管理系统保管制度 1、档案实行专人管理，非档案管理人员不得随便开启档案箱、橱。 2、不得利用工作之便私自摘录、擅自为他人查阅档案，不得向外传播和介绍档案、资料内容及存放位置等情况。 3、科学管理档案，档案查阅完毕，随时归还原处；档案按保管期结合年代排列存放，资料按类别排列存放。 4、档案箱、橱进行统一编号，自门口开始从左至右，自上而下编号。 5、维护档案安全，每个箱橱必须保持整洁，并放置防霉去虫剂。 6、档案人员调动工作时，应在离职前办理交接手续。
综合档案管理系统的意义：档案是人们社会实践的真实记录，也是dang和国家进行经济建设，开展政治文明、物质文明、精神文明建设，发展科学文化技术的必要条件。1、准确反映企业的成长历程；2、防患企业商业秘密外泄；3、决策制订的参谋和帮手；4、企业文化的活标本；5、企业宣传的资料库；6、员工成长的断代史。