晋中水厂次氯酸钠消毒和杀菌主要的作用方式是通过它的水解作用形成次氯酸，次氯酸再进一步分解形成新生态氧[O]，新生态氧的极强氧化性使菌体和病毒的蛋白质变性，从而使病原微生物致死。
晋中水厂次氯酸钠的消毒作用温和持久，对组织刺激性和受有机物影响小。0。5%〜1%溶液，用于食 槽、器皿消毒；3%溶液，用于排泄物与分泌物消毒；0。 1%〜0。2%溶液用于黏膜冲洗；1%〜2%溶液，用于创伤 消毒；饮水消毒，每立方米水用2〜4毫克。与等量铵盐合用，可显著增强消毒作用。
晋中水厂次氯酸钠在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌（病毒）体内与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等发生氧化反应或破坏其磷酸脱氢酶，使糖代谢失调而致细胞死，从而杀掉病原微生物。