定制移动方舱集装箱时注意要跟厂家协商好交货时间。由于集装箱定制涉及的事项较多而且整个流程耗费时间更多，因此事先用户就要厂家自行预算并根据定制流程核算好制作时间，然后再跟用户协商好具体的交货时间，以免造成沟通上的不顺畅而影响到具体的货物运输使用。
移动方舱集装箱在定制时要考虑内外压力差。收集站内部保持高于外部的正压， 这可以防止飞溅物进入内部，而无需每次都对内部进行消毒。
移动方舱集装箱需要注意保暖防寒问题。可以利用无毒陶瓷、保温层、双层屋顶等解决一部分问题，同时还要重建通风采暖系统。不以集装箱本身材质为诉求的建筑，可以重建表皮。