MBR加衬膜运行时的活性污泥浓度为6000-10000mg/L(1)过高的污泥浓度会引起抽吸压力上升;微生物的自身降解率也会下降，而使出水水质变差，因此必须控制好污泥浓度在上限以下运行。(2)由于曝气量较大、膜的截留作用，膜生物反应池中的好氧微生物可保持在较高的浓度，利于有机物的降解。污泥浓度可保持在6000-10000 mg/L 的范围内。(3)过低的污泥浓度会使加快水中污染物对膜元件的污染速度;活性污泥浓度小于3000 mg/L时，可利用下列方法运行。①在较低的抽吸流量下运行，一般为正常运行的30%-40%。②停止抽吸，对污水进行间歇曝气，连续性少量进水，逐步提高污泥浓度。③实行闷曝:对泥水混合液进行曝气，停止进出水，补充营养液。
MBR加衬膜离线化学清洗膜元件经物理清洗后，再置于容器内，向容器内加入与在线清洗相同的化学清洗剂，浸泡5 小时以上，可使滤膜的过滤能力得到有效的恢复。
MBR加衬膜4 抗污染膜元件对温度的要求被处理污水温度一般应低于35℃，温度过高将影响生物处理效果和滤膜的使用寿命。但在某些耐高温微生物处理系统应用，滤膜的允许温度可为45℃。5 抗污染膜元件对化学污染物的要求进水中不得含有高分子絮凝剂、环氧树脂涂料及离子交换树脂的溶出物，这些化学物质会在膜表面形成化学污染，造成透水量的降低。