商用厨房改造功能区按照储存、粗加工、热加工、主食间、凉菜间、化验室、垃圾房的顺序设置，工作流程顺畅，避免回流。设备摆放符合员工操作的一般流程，设备使用方便易于操作。符合人机工程学原理，舒适环保，易清洁，提高工作环境和效率。
如果商用厨房改造承担的用餐人数多，需要更加灵活效率化、也可配套中央厨房设备中的米饭生产线、自动洗菜机、剥皮机等。虽然前期投入成本高，但长远看还是具有竞争力和发展潜力的。
商用厨房改造厨房排污流向要从高清洁区流向低清洁区。冷热、生熟、洁净与污染区均不能产生交叉，洁净区不能设置明沟。