有机肥料环境污染与致畸危害 胚胎毒性：外来化学物作用于胚胎发育的不同阶段，引起的有害效应总称为胚胎毒性。如发育迟缓、结构畸形等。如“橙剂”事件、水俣病等，都是环境污染致畸的典型案例。
有机肥料海洋生物是海水环境和沉积环境污染的直接受害对象，并且海洋环境中的污染物对海洋生物质量的影响具有累积作用，其体内的污染物含量反映了其生存环境的质量，可食用底栖生物质量的好坏对人体健康更是有着直接的影响。目前，我国海洋生物质量状况并不乐观，主要表现为：海洋生物结构失衡，濒危物种减少；主要经济生物体内有害物质残留量偏高；沿岸经济贝类卫生状况欠佳。
有机肥料化肥污染 过量施用化肥而引起水体、土壤和大气的污染。未被植物及时利用的氮化合物，若以不能被土壤胶体吸附的NO3—N的形式存在，就会随下渗的土壤水转移至根系密集层以下而造成污染。可导致河川、湖泊和内海的富营养化;土壤受到污染，物理性质恶化;食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理。