项目档案整理的方法是编号分类法，步骤共有七步，分别是收集、筛选、分类、确定、修缮、编号以及装盒并编制目录。
“项目档案整理保管制度 1、档案实行专人管理，非档案管理人员不得随便开启档案箱、橱。 2、不得利用工作之便私自摘录、擅自为他人查阅档案，不得向外传播和介绍档案、资料内容及存放位置等情况。 3、科学管理档案，档案查阅完毕，随时归还原处；档案按保管期结合年代排列存放，资料按类别排列存放。 4、档案箱、橱进行统一编号，自门口开始从左至右，自上而下编号。 5、维护档案安全，每个箱橱必须保持整洁，并放置防霉去虫剂。 6、档案人员调动工作时，应在离职前办理交接手续。
项目档案整理的具体步骤分为七步：一步是收集，整理人需要将所有文件收集起来。第二步是筛选，整理人需要将收集的文件按照章程进行一定的筛选。第三步是划分文件的类别和级别，第四步是确定文件的保管期限，第五步是修缮文件的内容，整理人需要根据章程修缮文件缺失的内容。第六步是给文件编号，第七步则是将文件装盒并且编制检索的目录。