环境污染由于餐厨垃圾中含有各种动物肉类，如去做饲料，同类相食易引发和各种疾病，从而传播给人类而造成危害；去填埋由于其含水量高容易产生大量的渗滤液而污染地下水；做肥料，生产过程中臭味四溢，影响周围环境；而厌氧处理可产生大量沼气，沼气是一种清洁的可再生能源，可用于发电和做燃料，且由于系统全封闭而无异味，因此，餐厨垃圾厌氧处理是未来的发展方向。
环境污染目前，对于多数餐厨垃圾处理技术较落后或垃圾分类不严格的地方，通常餐厨垃圾会与生活垃圾一起焚烧处理。焚烧处理法对于垃圾减量化很有效，能够达到减量百分之90或更高。对于一些技术较发达的地区，垃圾焚烧厂会利用垃圾焚烧产生的热量发电，以获得经济效益。但由于餐厨垃圾的特殊性质，垃圾焚烧处理会产生大量的有害气体，不能满足无害化的要求。对于霉变、严重变质和已被化学污染的餐厨垃圾则应采用焚烧法进行处理。
环境污染百分之90 以上的有机垃圾转化为无害的水蒸气、二氧化碳及热量，并以气体的形式排出，约 百分之10的残余物完全转化为无有害菌、无公害的标准绿色有机肥。微生物在反应过程中会产生 40-70 ℃ 的高温，可以垃圾中的绝大部分病源微生物及，残余物可作为肥料使用。适于大城市没有集中处理场的机关食堂等含水量少的垃圾处理。