有机肥料对维持机体内环境稳态和调节发育过程中的体内天然的合成、释放、转运、代谢、结合和效应造成严重影响的一类外源性物质。可以是天然的，也可以是人工合成的。如邻苯二甲酸酯类、有机氯杀虫剂等。
有机肥料环境污染与致畸危害 胚胎毒性：外来化学物作用于胚胎发育的不同阶段，引起的有害效应总称为胚胎毒性。如发育迟缓、结构畸形等。如“橙剂”事件、水俣病等，都是环境污染致畸的典型案例。
有机肥料化肥污染 过量施用化肥而引起水体、土壤和大气的污染。未被植物及时利用的氮化合物，若以不能被土壤胶体吸附的NO3—N的形式存在，就会随下渗的土壤水转移至根系密集层以下而造成污染。可导致河川、湖泊和内海的富营养化;土壤受到污染，物理性质恶化;食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理。