数控双轴深孔机床装夹工件一定要牢固，必须遵循“装实、装正、装平”的原则，严禁在材料悬空的地方进行加工。
数控双轴深孔机床被加工的工件由主轴箱和集屑器的锥顶盘顶紧，钻头由钻杆箱带动高速旋转实现切削运动，伺服电机带动滚珠丝杠推动钻杆箱实现进给运动，授油器将高压冷却油由钻头的尾部注入，从钻头的内孔直达工件的切削部位，钻屑由冷却液沿钻头的导屑槽冲到集屑器，进入集屑斗，冷却液经滤纸和磁过滤后回到油箱继续使用。
数控双轴深孔机床使用之前检查冷却液的储存量，开启电机的主轴冷却，保证冷却液循环正常，检查刀具是否需要重新刃磨。