低温纤维素酶反应和一般酶反应不一样，其重要的区别取决于纤维素酶是多组分酶系，且底物构造极为繁杂。因为底物的水不溶解性，纤维素酶的吸附功效代替了酶与底物形成的ES物质全过程。纤维素酶先非特异地吸附在底物纤维素上，然后在几类成分的协同效应下将纤维素转化成葡萄糖水。
低温纤维素酶和果胶酶的化学本质是蛋白质，但和蛋白质酶一样，都属于酶，是并列关系。 什么酶就是分解什么的，纤维素酶能分解纤维素，蛋白酶能分解蛋白质，它们都是消化酶，于是化学本质都是蛋白质。
由于棉纤维结晶区域孔径仅为lnm，因此对孔径为几纳米到几十纳米的纤维素酶而言，进到那样紧密的构造是很困难的。因此低温纤维素酶是无法溶解棉织物的。