在农村建设集装箱别墅的合法性取决于当地的土地使用政策、规划许可以及建筑规范。如果农村土地属于集体所有,一般需要经过村委或乡***审批,符合村庄规划和建筑设计要求,不违反相关环保、消防安全规定,那么是可以的。但如果没有合法手续,可能构成***建设。因此,建议在建造前咨询相关部门,获取合法的建设许可。