若用离子交换层析分离物质，以蛋白质为例，离子交换层析中，基质是由带有电荷的除苯树脂或纤维素组成。带有正电荷的称之阴离子交换树脂；而带有负电荷的称之阳离子树脂。离子交换层析同样可以用于蛋白质的分离纯化。由于蛋白质也有等电点，当蛋白质处于不同的pH条件下，其带电状况也不同。
除苯树脂,尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应,从而导致有色物质的产生.阴离子交换树脂吸附糖以后为什么会变色。阴离子交换树脂,尤其是强碱性阴离子交换树脂可以催化糖及其所含杂质成份发生异构化反应,从而导致有色物质的产生.
糖液脱色常使用强碱性阴离子树脂，它对拟黑色素(还原糖与氨基酸反应产物)和还原糖的碱性分解产物的吸附较强，而对焦糖色素的吸附较弱。这被认为是由于前两者通常带负电，而焦糖的电荷很弱。通常，交联度高的除苯树脂对离子的选择性较强，大孔结构树脂的选择性小于凝胶型树脂。这种选择性在稀溶液中较大，在浓溶液中较小。