有机肥料随着现代人类活动越来越频繁，各种工农业发展飞速发展，随之而来的就是各种环境污染问题。我们每天生活的环境中已经能够日益明显的感觉到环境污染的危害了。一些我们经常能够遇到的污染，例如废气污染，土壤污染，噪声污染，化肥污染等。
有机肥料环境污染与致畸危害 胚胎毒性：外来化学物作用于胚胎发育的不同阶段，引起的有害效应总称为胚胎毒性。如发育迟缓、结构畸形等。如“橙剂”事件、水俣病等，都是环境污染致畸的典型案例。
有机肥料噪声污染 是接近或超过人耳听觉承受限度的声音污染。能影响和改变人体正常的生理状态，甚至诱发疾病。主要来源于工业、交通运输等领域各种类型机器的运转。城市噪声已经是城市环境的一大公害。主要来源有：工业噪声、交通噪声、建筑施工噪声和社会生活噪声等。