双轴数控深孔枪钻装夹刀具时，须先将旋转夹头里的灰尘及杂物清理干净，把卡头装入压帽内并放正，再一起装到电机主轴上并将刀具插入卡头，然后再销紧压帽。上下刀松紧压帽的时候严禁采用推拉方式而须用旋转方式。下刀时应先清理压帽和转上的废屑，松开压帽将刀具拿下再拧下压帽拿出卡头。
双轴数控深孔枪钻被加工的工件由主轴箱和集屑器的锥顶盘顶紧，钻头由钻杆箱带动高速旋转实现切削运动，伺服电机带动滚珠丝杠推动钻杆箱实现进给运动，授油器将高压冷却油由钻头的尾部注入，从钻头的内孔直达工件的切削部位，钻屑由冷却液沿钻头的导屑槽冲到集屑器，进入集屑斗，冷却液经滤纸和磁过滤后回到油箱继续使用。
双轴数控深孔枪钻钻削过程中，严禁近距离观察，观察时需透过观察窗。如发现异常状态，关闭电机主轴并确定电机主轴不再旋转，可使用紧急制动按钮（红色按钮）。