常见有气、水管路堵塞，或似堵非堵，而不畅通，应按原理分别进行检查。一般常见的有水、气同时不通，肠镜维修时可用细钢丝边通边送气，然后用送水的方法排除故障。但须注意，通后还要压扁喷嘴。
肠镜维修时注意胃肠镜先端部的保护，避免意外硬物的碰撞，造成先端盖玻璃片的裂痕、缺失、破碎。
故障现象：压下送气、送水或吸引按钮，抬手后不能立即弹起复位，造成水气不分，活塞运动阻滞等现象。肠镜维修用手将按钮拔出，用脱脂棉蘸上由30％的无水乙醇组成的混合液擦去油污，然后在0形环上涂少量的白凡士林（黄凡士林也可），再把缸体内部清洁干净，按原样装回，即可恢复正常工作。