柴油双缸小型柴油发电机组排气系统的功能是将发动机废气安全排放到室外，并使废气、烟雾和噪音远离建筑物和人员。小型柴油发电机组安装时，为了吸收小型柴油发电机组的热膨胀、位移和振动，发动机排气口应连接24英寸以上的可伸缩不锈钢波纹管。同样，直接固定在地板上的小型柴油发电机组的排气口也应具有18英寸以上的波纹管。
柴油双缸在满足小型柴油发电机组排气管背压限制的前提下，建议整个小型柴油发电机组排气系统管路的公称直径应尽可能与发动机排气口一致。禁止使用直径小于排气口的管道，因为较厚的管道更容易受到冷凝腐蚀，扩大废气排放，导致功率损失。排气系统管径变化越小，摩擦损失越小。所有和排气管均应隔热，以避免意外接触火灾或自动灭火设备误启动，从而减少机组室内的冷凝腐蚀和热辐射。
柴油双缸小型柴油发电机组的柴油雾化不良，当温度降低时，会导致柴油结蜡，等级和温度不匹配，喷油时雾化不良，无法启动发电机组。解决这一问题的方法是根据当天的低温度和其他条件选择合适的柴油等级。高油粘度，该问题与柴油雾化问题相同。建议选择符合问题和条件的机油，或加装水套加热器加热机油和其他液体，避免小型柴油发电机组启动困难的问题。