肠胃镜结束对身体一般不会造成太大影响，传统胃镜对身体所造成的常见的损伤就是损伤食道和胃粘膜。无痛胃镜有时会出现恶心等副作用。如果感觉身体不适，一定要尽快就医！
肠胃镜检查前一天晚饭后不能进食，检查当天早晨不能喝水；检查前一天不能抽烟，以免因为咳嗽而对检查造成影响；开始检查时导管放入时应配合一个吞咽的动作使其顺利进入食管；检查应有成年亲友陪伴。
肠胃镜检查后不宜立即进食，可以在检查后大约2小时左右再试吃流质食物。检查后不要开车，如需开车也要有人陪护。检查后咽部可能会有不适感，这是正常现象，可以口片等帮助咽部舒缓。