有机肥料环境污染是指有害物质进入环境，对人们的正常生活，身心健康产生不良影响的现象。产生环境污染的主要原因是有污染源的存在。污染源包括：公共厕所，垃圾站，化工厂，移动的汽车，火车，轮船，集贸市场，建筑工地，烟囱，高压输电线路，无线电发射塔，会产生有害物质的建筑材料等。
有机肥料土壤污染 是人类活动产生的污染物进入土壤并积累到一定程度，引起土质恶化的现象。主要源于工业、生活废水和固体废物、化肥以及大气沉降物等。
有机肥料化肥污染 过量施用化肥而引起水体、土壤和大气的污染。未被植物及时利用的氮化合物，若以不能被土壤胶体吸附的NO3—N的形式存在，就会随下渗的土壤水转移至根系密集层以下而造成污染。可导致河川、湖泊和内海的富营养化;土壤受到污染，物理性质恶化;食品、饲料和饮用水中有毒成分增加。为防止污染环境，应对使用的化学肥料进行控制和管理。